自然流产的病因非常复杂，包括胎儿染色体异常、母体生殖道畸形、病变、感染、内分泌疾病、免疫异常等多个因素。
在大多数情况下，导致流产的染色体异常并不反映任何一方的任何异常。相反，它们反映了卵子或精子发育时或受精卵受精和早期分裂时产生的问题。在这些情况下，如果流产与染色体异常有关，许多人会将其视为身体结束未正常发育的妊娠的方法。
在某些特殊情况下，如果女性子宫的内部结构或子宫颈功能出现问题，可能会发生流产。
风疹(德国麻疹)等感染与流产有关。这导致一些人怀疑是否有其他感染导致早期妊娠丢失，但很少有人确认这一点。一些专家还提出，荷尔蒙不平衡会导致流产，但确定特定的异常情况已证明是困难的。
在极少数情况下，女性的免疫系统似乎会与妊娠组织发生反应，从而导致流产。总体而言，免疫系统疾病似乎是造成极少数流产的原因，但在连续三次或多次流产的女性中(复发性流产)，免疫系统疾病导致这些损失的5%至10%。
一种可能导致反复流产的相当常见的抗体问题被称为“抗磷脂抗体综合症”。
与流产相关的免疫相关问题的另一个例子是产生与甲状腺反应的抗体(甲状腺过氧化物酶抗体)。如何或是否甲状腺抗体导致妊娠丢失尚不清楚。可能这些抗体仅仅是存在的其他尚未发现的因子的指示。
经常建议在几次流产后测试这些抗体。一些但并非所有研究都表明，对于多次流产的女性，抗体疾病的治疗可能会降低未来流产的风险。
尽管可能令人沮丧，但在许多情况下，没有发现流产的原因。未来的研究可能会确定受精或发育和植入中缺失的信号，导致这种情况下的流产。
