肛瘘的最常见原因是肛门脓肿，尽管还有其他几种可能的病因。大多数肛瘘形成于后中线。
当在其他位置发现瘘管时，它们通常与继发性病症相关。这些包括：
肠道炎症性疾病
性传播感染
外伤
肿瘤包括白血病
结核
肛肠癌
几乎三分之一的患者与肛门脓肿或瘘管相关的HIV
以下更详细地讨论这些肛瘘的潜在原因中的每一种。
肛门脓肿
脓肿是身体区域中的脓液的集合。当小肛门腺感染细菌时会发生肛门脓肿。它可能非常疼痛并且可能发展成其他医学病症，例如肛瘘。
肛门脓肿是迄今为止肛瘘最常见的原因，并且导致大约80%的病例。所有肛门脓肿患者中有一半会发生肛瘘。
如果出现以下情况，更有可能发生肛瘘的形成：
脓肿在治疗前爆发
流体不会完全排出
脓肿未能完全愈合
为防止肛门脓肿进展为肛瘘，应及时用适当的抗菌药物治疗。另外，大多数患者需要切开脓肿并完全排出脓液，以防止瘘管的发生。
肠道炎症
肛瘘还可以表现为涉及肠道炎症的医学病症的并发症，例如克罗恩病和憩室炎。
克罗恩病是一种炎症性肠病(IBD)。在这种慢性病症中，消化系统内的粘膜发炎。憩室炎是导致小外出或憩室炎症的另一种情况，其从结肠侧面形成许多小口袋。
这两种情况都会导致结肠和直肠的慢性炎症，并且有可能在某些患者中引起肛瘘。
化脓性汗腺炎
这是皮肤的慢性病，??其中汗腺经常发生感染并且瘢痕形成愈合。当这发生在肛门区域的皮肤中时，它可导致继发于浅表或深部感染的肛瘘的形成。
性传播感染
一些性传播感染也有可能引起肛瘘。
艾滋病毒和艾滋病涉及一种病毒感染，它会攻击并削弱身体的免疫系统。这可能导致对感染的易感性增加，形成肛门脓肿和肛瘘。
衣原体和梅毒也是性传播感染，可增加个体肛瘘的风险。
创伤/异常结构或增长
肛瘘的形成也与直肠区域的创伤有关。在某些情况下，异常生长可能使个体易患肛瘘。肿瘤，溃疡，肛门附近手术后的手术并发症，以及出生异常，都有可能引起肛瘘。
结核
结核病是一种细菌感染，通常会影响肺部，但也可能发生在身体的任何部位。它有时会影响直肠，导致肛门脓肿形成，跟踪到表面，导致肛瘘。
癌症
肛肠区域的癌症是肛瘘的罕见原因。这里直肠或结肠的远端部分在排泄之前储存粪便，参与异常细胞生长和肿瘤形成。
