羊膜穿刺术后流产的风险实际上是医学界争论的话题。一些研究表明，每200至500名女性中就有一名女性，而另一些研究表明，风险实际上更像每1600名女性中的一名。这些极不相同的风险评估是用于探讨羊膜穿刺术后流产风险的不同研究方法的结果。准备进行这种产前检查的女性应该向医生询问可能使其更危险的特定风险因素，因为每次怀孕都是不同的。
在羊膜穿刺术中，采集少量羊水样本并在实验室中进行分析。该测试可以识别某些遗传疾病或遗传疾病的风险。无法筛选所有内容，并且可能返回误报和否定，但测试可以提供有关怀孕的更多信息，可能会推荐给某些女性。
从历史上看，羊膜穿刺术后流产风险的估计值很高，大约每200次测试中就有一次。随着测试变得更加普及，医生获得了更多经验，这些风险下降，个别提供者的流产率较低。控制更多因素的额外测试表明风险甚至更低。
当一名妇女在羊膜腔穿刺术后流产时，可能不一定是因为该试验。由于与怀孕有关的因素，如年龄或胎儿遗传条件，一些妇女流产的风险增加。由于这些女性更有可能被告知进行羊膜穿刺检查，因此有关羊膜穿刺术后流产的早期估计实际上可能人为地高，因为他们未能充分解释研究对象流产的其他可能原因。2007年美国妇产科学院进行的一项研究表明，流产风险为1,600，相比之前认为的要低得多。
考虑羊膜穿刺术的女性如果担心羊膜穿刺术后流产的风险，可以询问怀孕期间是否存在可能增加流产风险的特殊情况。他们也可能想询问他们的产科医生他们在这项测试中的经验水平。最终，拥有或放弃此测试的决定是个人测试。对于一些女性来说，即使是低风险也可能让她们感到舒服。没有要求人们绝对必须接受这种产前检查，并且可能有其他选择。
