免疫失调
HLA抗体调节对异物的识别和免疫应答的发展。编码它们的基因位于第6染色体上。HLA抗原分为2类--HLA I类(抗原A，B，C)是细胞毒性T淋巴细胞识别转化细胞所必需的，HLA II类(抗体DR，DP，DA)提供巨噬细胞和T淋巴细胞之间的相互作用在过程免疫反应。
习惯性自然流产与其他细胞免疫紊乱有关。其中，分离出T抑制剂和巨噬细胞的不足。一些作者提出，HLA I类合体滋养细胞的抗原表达促进了导致自发流产的细胞毒性T淋巴细胞的活化。
其他作者拒绝这种致病机制，因为在胎蛋的成分中未检测到HLA抗原。
干扰在习惯性自然流产发病机制中免疫的体液联系中的作用更为合理和阐明。首先，它是一种抗磷脂综合征。
SI Zhuk认为，流产时血栓形成障碍的原因是抗磷脂综合征，高同型半胱氨酸血症和遗传性止血缺陷。
在3-5%的习惯性自然流产患者中诊断出抗磷脂综合征。患有抗磷脂综合征的习惯性流产显然是由于胎盘血管的血栓形成，并且它们是由于止血的血小板和血管环节的侵犯引起的。
关于抗精子抗体，滋养层抗体和阻断性抗体缺乏在习惯性流产发病机制中的作用的假设尚未得到证实。
流产和习惯性自然流产的其他原因包括接触有毒物质，特别是重金属和有机溶剂，使用药物(细胞抑制剂，米非司酮，吸入麻醉剂)，吸烟，饮酒，电离辐射，生殖器区域的慢性疾病导致对子宫的血液供应受到干扰。
血小板增多(血小板数量超过1 000 000 /μl)和高同型半胱氨酸血症导致自发性流产数量增加，导致在早期阶段形成支气管血肿和自发终止妊娠。
自发性流产和在电脑上工作，住在靠近电源线的微波炉附近没有任何联系。
适度饮用咖啡(不超过300毫克/天的咖啡因)，如适度运动，也不影响自然流产的发生率，但可能会增加胎儿宫内发育迟缓的风险。
科学家们对早孕期间性交在自然流产发病机制中的作用的看法是矛盾的。
通常在习惯性自然流产的妇女中有几个提到的原因。在怀孕的早期阶段，有一些关键时期，其中习惯性流产发展的各种病因因素是特征性的。
