目前,通常被称为非淋菌性尿道炎的是指衣原体(占40%-50%)、支原体(占20%-30%)及一些尚不明致病病原体(占10—20%,如阴道毛滴虫,白色念珠菌和单纯疱疹病毒)的尿道炎。这类尿道炎中,已知其病原体的,则称为真菌性尿道炎和滴虫性尿道炎等,而不再包括在非淋菌性或非特异性尿道炎之内。
其主要病原体是沙眼衣原体和解脲支原体。前者占40%-60%,后者占20%-40%。根据许多国家报告,NGU中30%-50%,淋菌感染病人中20%和性活动强但无尿道炎症状的人中0.5%,以目前常用的培养方法,尿道分泌物可培养出衣原体。女性疾病人因多数无症状或仅表现为白带增多等妇科症状,难以确定其发病率,有人估计女性疾病人可能为男性的4倍。
其他如阴道滴虫、单纯疱疹病毒和白色念珠菌等,可能是少数NGU的病原体。但目前一般都不将其作为非淋。

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