绝大部分的衣原体感染的男性和女性都没有症状。结果，它被称为沉默的流行病。它不仅没有任何症状，而且可以在不被发现的情况下存活数年。
更近的一项调查显示，在18至26岁的14,000名接受衣原体感染检测的人中，每25人中有1人被感染。十几岁的女孩特别容易受到影响，因为她们的子宫颈没有完全发育，并且据信在15至20岁被诊断患有衣原体的人中占多达45%。
从暴露于衣原体的时间和衣原体症状的发作，称为潜伏期，可以通过数天或数月。如果出现症状，通常在患者与感染者发生性接触后1至3周。
在女性中，这些衣原体症状可能以多种方式存在 - 少至一两个，或几个组合。排尿模式可能会发生变化并变得混浊或疼痛; 也可能有尿急。在阴道口处可能有发烧和/或全身疲倦，下腹痛，生殖器瘙痒或肿胀，疼痛的腺体/淋巴结。也可能出现异常的阴道分泌物，在性交期间或之后甚至在月经期间出现异常出血，以及月经不规则出血。
大约50%的衣原体患者有症状; 衣原体症状和体征在男性中更为普遍。它们也会出现混浊的尿液，排尿时疼痛/灼热，发烧，瘙痒和/或肿胀或睾丸肿胀。男性有时会出现不寻常的排泄物 - 水分或粘糊糊的阴茎，以及尖端和/或阴囊或肛门的结痂。如果不及时治疗，衣原体可能会扩散到睾丸，并且在极少数情况下会导致不育。
在男性和女性中，衣原体可以扩散到直肠，但是再次很少引起衣原体症状，如果在并发症(直肠粘膜炎症)发生之前进行治疗也不会造成长期伤害 - 尤其如此那些从事肛交的人。被称为结膜炎的关节或眼病可以在两种性别中发生，通过触摸感染区域然后接触面部和眼睛来传播。
衣原体一旦治疗，就无法保证未来的感染。如果暴露，衣原体也会增加患者感染艾滋病病毒的风险。
