男性不育的治疗取决于根本原因，以及女性因素是否也存在。治疗通常涉及男性和女性伴侣。
生殖道阻塞可防止精子从睾丸进入射精管。以前的感染或先前手术造成的疤痕可能导致堵塞。在极少数情况下，一些男性出生时没有必要的精子运输结构(输精管)。堵塞治疗包括：
由泌尿科医生进行的手术可以成功地消除阻塞。如果手术无法解决问题，可以直接从睾丸中取出精子用于体外受精(IVF)循环。
输精管切除术逆转：输精管切除术(男性绝育)被认为是一种阻塞。在高达85%的病例中，可以逆转输精管切除术，超过50%的夫妇可以在输精管切除术后进行妊娠。
下丘脑或垂体缺乏症：与女性一样，大脑调节男性生殖激素的产生。激素产生异常，如睾酮过少或雌激素过多，都会抑制精子的产生和成熟。
有时用人绒毛膜促性腺激素(hCG)和LH(促黄体激素)或重组卵泡刺激素(rFSH)治疗可以补充缺失的垂体激素，以恢复精子的产生。这种治疗的成功率很高，但需要6个月的治疗才能看到精液中的精子细胞。在许多情况下，需要1至2年的治疗才能达到正常的生育能力。
精索静脉曲张是男性不育的常见，可能是可纠正的原因，其由阴囊中的静脉(如静脉曲张)扩张引起。这种情况发生在15%的男性和40%的不育男性中。它与精子数量低或精子形态异常(形状)有关。静脉扩张可能会导致精子生成的恶劣环境：温度升高，氧气供应不足和/或睾丸血流不畅会影响精子。
精索静脉曲张有时可以通过束缚异常静脉进行手术治疗; 然而，手术并不总能提高生育能力，通常只有在有大量精索静脉曲张时才推荐。慢性精索静脉曲张可引起不可逆的损伤，无法通过手术治疗。
精索静脉曲张也可以使用辅助生殖技术治疗，例如IVF与卵胞浆内单精子注射(ICSI)。
当睾丸的精子产生结构严重受损或异常时，就会发生睾丸衰竭。这种情况发生在一些接受过化学疗法或放射治疗的男性身上，也可能是由于睾丸损伤，睾丸扭转或睾丸未降低所致。遗传异常，如Klinefelter综合征是睾丸衰竭的其他原因。许多形式无法逆转，需要使用辅助生殖技术或使用供体精子。
